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Protein-KO™技术是多个导向gRNA序列的设计算法,能够精确的达到Protein水平的KO,真正解决问题
  • 多导算法 Protein-KO™
  • 多导算法 Protein-KO™

Protein-KO™ 作为海星生物前沿的生信研究项目,目前依然处于不断的完善和优化之中,目前该算法只供内部服务平台使用。我们为了更加高效的实现蛋白水平的敲除,实现相关的生物学功能的研究。解决只敲基因DNA而对蛋白质检测的WB敲除无效的问题,我们致力于使用生物信息工具,获得一种更加高效的Protein-KO™的敲除策略设计算法。


我们主要的生信团队实施主要是以下两种策略:

1、Multi-sgRNAs设计策略:在卓越的生信团队的支持下,海星生物的Protein-KO™多导向设计算法,能够在目标基因片段内找到“多组”由3-5个或者以上的sgRNAs组成靶向同一个片段是sgRNA敲除组,可以精确导致目的基因外显子片段在早期的翻译的时候发生大量的不同长度的片段的丢失,并导致高概率的mRNA的降解,从而实现了目标基因在蛋白水平更高效率的敲除。经过我们的算法,该蛋白敲除效率是单sgRNA效率的3-5倍。目前我们已经可以为客户提供该策略的设计与载体构建的咨询。

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2、LF(Lager fragment)Dual-sgRNA设计:在生物信息团队新算法的支持下,我们得以快速的结合“抗体数据库”和“基因序列信息库”进行集成运算筛选,并且从基因的多个外显子的信息中快速筛选到移除大片段(1~30Kb)后能够再次导入移码的Dual-sgRNA组,并且该切割信息组能够包括抗体检测的结构域,通过这样的方式我们可以快速的筛选到能够彻底移除目的蛋白的LFD-KO sgRNA组策略,并将其应用于我们的敲除服务项目中,所以可以高效的获得Western Blot敲除的克隆。目前该算法正在进行代谢组关键酶敲除、内分泌关键调控信号敲除、肿瘤免疫检查点信号精确高通量敲除的相关研究,相信会有越来越多的数据的支撑。

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友情链接: 国家实验细胞资源共享平台 ATCC Zhang Lab
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