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HyCyte™基因干扰稳转试剂盒shRNAx2.0——FAQ

FAQ (常见问题分析)


Q1.    shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒推荐脂质体转染还是电转染?

shRNAx2.0基因干扰稳转试剂盒主要组分是DNA和SSR位点特异性重组酶,同时适用于脂质体转染和电转染。可以根据不同的细胞类型选择合适的转染参数,一般贴壁细胞同时适用于两种转染方式,悬浮细胞建议采用电转染。


Q2.    不同细胞系如何优化转染参数?

shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒包含表达GFP的随机shRNA序列质粒,您可以根据试剂盒操作说明进行转染测试,如果转染后48h荧光率大于50%,说明转染效果良好。如果荧光率不理想,可以按照转染试剂的推荐优化方案,使用GFP对照质粒进行转染参数摸索。对于一些较难用脂质体转染的细胞,如悬浮细胞,我们推荐电转染。


Q3.    通过shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒获得的是瞬转干扰还是稳转干扰,如何获得稳转干扰细胞株?

通过shRNAx2.0干扰试剂盒构建的细胞株是属于稳转干扰细胞株。而且可以puro药筛获得长期稳定的干扰细胞株,稳转细胞株的shRNA片段(shRNA载体携带puro和GFP)由于是稳定插入目的细胞基因组,可以保证长期稳定,只需要通过一周药筛选,就可以通过Q-PCR鉴定进一步确认所获得的"干扰稳转细胞株"的干扰效率。获得其中干扰效率最高的细胞株进行扩增,为了维持干扰的效果,可以使用低浓度筛选药物进行扩增培养。(扩增的药物浓度可以是筛选药物浓度的一半左右,具体按细胞的情况决定)


Q4.    shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒的原理是什么?为什么shRNA片段可以高效整合到基因组?

shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒是基于SSR位点特异性重组酶技术。SSR重组酶会识别shRNAx2.0载体的骨架中的特定序列,并将该片段从载体中转移到细胞的基因组中,由于SSR重组酶的效率极高,细胞基因内可以获得稳定整合的拷贝数达到10~100个。在细胞基因组整合后,再通过药物筛选的方式可以去除WT细胞,并将目的shRNA的表达上调到很高的水平,从而大幅提升对目的基因的干扰细胞。


Q5.    shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒的优势是什么?

shRNAx2.0 基因敲除试剂盒包含2个gRNA载体、1个对照shRNA、1管SSR重组酶。shRNAx2.0载体中的抗性标记大大提高了筛选效率,并保证所有的细胞都可以有高拷贝表达shRNA片段,并且对分裂细胞和非分裂细胞都有效,可以实现大多数敲除细胞稳转,干扰效率和操作与siRNA接近,但可以达到与病毒一致的稳定干扰效果。


Q6.     shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒的实验周期是多久?

按照正常的实验周期,仅需一周时间,就可以获得稳转干扰细胞株,但是由于不同的细胞的增殖速度差异和药筛敏感性差异,时间应该在1~2周都能够拿到稳转干扰细胞株。


Q7.    shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒的实验是否需要进行单克隆?

按照正常的推荐,获得的干扰稳转细胞株是不需要进行单克隆的。但是如果有这个实验需求,我们建议使用极限稀释方式,进行单克隆工作。


Q8.    shRNAx2.0 基因干扰稳转试剂盒是否判断有干扰的活性?

不同的干扰稳转细胞株在干扰效果上面会有差异,所以不同的细胞株的干扰效果差异主要是由于转染方式和转染试剂的转染效率差异引起的,所以使用对照载体进行验证非常重要,能够保证目的细胞的GFP表达效率高于50%是试剂盒能够高效起作用的基础,但是最低也不能低于25%的转染率。如果测试的时候不能确定细胞株是否符合脂质体和电转仪的测试结果,建议先使用对照质粒进行验证后再进行基因干扰稳转实验。

所有GFP超过50%的细胞株都能够保证可以Q-PCR干扰效率在50~90%的效果的干扰稳转株。



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